Las complicaciones por esta bacteria son raros pero pueden ocurrir como resultado de una bacteriemia (es decir, el paso de la bacteria a sangre), donde puede haber invasión de otros tejidos.
Como consecuencia, puede presentarse infecciones de la piel (en forma de pústulas dolorosas que sangran) o inflamación de las articulaciones (artritis infecciosa), que es frecuente en la rodilla o el tobillo y causa mucho dolor al intentar flexionar o extender las extremidades.
También, puede ocurrir inflamación de las meninges que rodean el cerebro y la médula espinal (meningitis) o infección del corazón (endocarditis).
Una sepsis gonocócica puede ser potencialmente mortal, aunque es raro que se llegue a ese extremo en países civilizados.