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Las dos complicaciones más graves en pacientes con clamidia son el tracoma ocular y el linfogranuloma venéreo.
El tracoma ocular usualmente ocurre por auto-inoculación desde los genitales. El tratamiento corresponde a la administración de antibióticos intravenosos u orales e, instilaciones de soluciones oftálmicas. Puede conducir a ceguera parcial o total si no recibe un tratamiento intensivo.
El linfogranuloma venéreo (o LGV) se produce cuando la bacteria invade las vías linfáticas del cuerpo y ocasiona la formación de ampollas, que se manifiestan como inflamaciones ulcerosas en el trayecto de las mismas. Causa mucho dolor y en algunos casos se requiere extirpación quirúrgica. El tratamiento del LGV comprende la administración de antibióticos.